«Caused by: java.io.FileNotFoundException: /usr/local/FlashphonerWebCallServer/conf/flashphoner.license (Permission denied)»
В процессе активации происходит запись файла: /usr/local/FlashphonerWebCallServer/conf/flashphoner.license.
Если нет доступа на изменение этого файла, может быть выведено ошибочное сообщение выше.
Проверьте права доступа к файлу и запускайте активацию как root-пользователь для исключения подобной ошибки.