Можем ли мы использовать Click to Call для разных сайтов?

Да, это возможно.
Ознакомьтесь с документацией: http://docs.flashphoner.com/display/WCS/Click2call+quick+start
accounts.xml и callee.xml — это статические примеры

Если вы предполагаете предоставлять Click to Call сервис, вам нужно будет использовать динамические PHP скрипты или другие скрипты для автоматической раздачи SIP аккаунтов.

Пример:

http:/mydomain.com/account.php?token=123 -returns SIP account login and password as XML for user with token 123
http:/mydomain.com/account.php?token=124 -returns SIP account login and password as XML for user with token 124
…
и т.д.

То же самое для callee.xml, вам нужен будет динамический скрипт, который отдает направления:
callee.php?token=123 returns number +79220000000
callee.php?token=124 returns number +79220000001
и т.д.

Таким образом вы можете обслужить неограниченное число аккаунтов и направлений, и дифференцировать их по token, который может содержать например информацию о сайте, с которого был выполнен звонок.