Коротко:

cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin
./shutdown.sh
./startup.sh

Развернуто:

1) cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin

2) ./shutdown.sh

#Чтобы убедиться что процесс Flashphoner остановлен
3) ps aux | grep Flashphoner

4) ./startup.sh

#Убедиться что сервер стартовал и пишет логи
5) tail -f /usr/local/FlashphonerWebCallServer/logs/flashphoner.log

#Убедиться что процесс Flashphoner работает
6) ps aux | grep Flashphoner

Шаги 3,5,6 опциональны.