Скачайте последнюю версию клиент+сервер, доступную на этой странице:
https://flashphoner.com/download_wcs3/

Обновление сервера:
1 Остановить сервер
cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin
./shutdown.sh
2. Распаковать сервер и запустить install.sh
3. Запустить сервер.

cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin
./startup.sh

Обновление клиента:
1. Распаковать клиент.
2. Исправить IP адрес в файле flashphoner.xml
3. Скопировать в директорию веб-сервера, доступную по http.

При обновлении сервера все существующие настройки сохраняются.
Нужно только перезапустить WCS3 чтобы подхватились новые библиотеки.