Как настроить две разные Click2Call кнопки чтобы они регистрировались на разных серверах и звонили на разные номера?

В этом случае вместо account.xml и вместо callee.xml
у вас должны использоваться динамческие скрипты, например account.php и callee.php
эти скрипты должны быть прописаны в конфиге flashphoner.properties
соответственно они должны отдавать нужные xml чтобы схема работала.

На клиенте Click2Call.js используется Javascript функция loginByToken("token") для логина, и callByToken("token") для звонка.
Например вы можете в JS сделать чтобы для первой кнопки вызывалась функция loginByToken("button1") и callByToken("callee1")
и для второй loginByToken("button2") и callByToken("callee2").

Пример:

Логин кнопки
1. loginByToken("button1")
2. WCS сервер отправляет запрос вашему PHP скрипту: account.php?token=button1
3. Ваш скрипт отдает XML для первого сервера(похожий на account.xml).

Звонок кнопки
1. callByToken("callee1")
2. WCS сервер отправляет запрос вашему PHP скрипту: callee.php?token=callee1
3. Ваш скрипт отдает XML для первого сервера(похожий на callee.xml).

Аналогично для других кнопок.
Дополнительная информация доступна здесь:

http://docs.flashphoner.com/display/WCS/Click2call
http://docs.flashphoner.com/display/WCS/Click2call+Quick+Start