Коротко:
cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin
./shutdown.sh
./startup.sh
Развернуто:
1) cd /usr/local/FlashphonerWebCallServer/bin
2) ./shutdown.sh
#Чтобы убедиться что процесс Flashphoner остановлен
3) ps aux | grep Flashphoner
4) ./startup.sh
#Убедиться что сервер стартовал и пишет логи
5) tail -f /usr/local/FlashphonerWebCallServer/logs/flashphoner.log
#Убедиться что процесс Flashphoner работает
6) ps aux | grep Flashphoner
Шаги 3,5,6 опциональны.