Возможно ли на WCS3 сделать Android или iOS приложение, которое взаимодействует с Flash браузером?

WCS3 поддерживает WebRTC. В настоящее время WebRTC поддерживается в Android Chrome и Android Firefox браузерах.

Таким образом, если вы используете один из этих браузеров, он сможет звонить на Flash через WebRTC. В iOS браузерах WebRTC пока не поддерживается.
С другой стороны Flashphoner Web Call Server работает как SIP user agent.
Это означает что WCS3 Flash приложение должно быть совместимо с любым SIP софтфоном, нативным для Android или iOS платформы.

Вы можете использовать какое-либо мобильное SIP/RTP или WebRTC SDK или адаптировать какой-нибудь Android или iOS софтфон с открытым исходным кодом для вашего приложения и он сможет звонить на Flash через WCS3. Например, IMS Droid или проприетарный Bria или PortGo софтфоны, которые могут быть адаптированы и брендированы под вашу организацию.
Исполбзуя такой подход, вы сможете звонить с такого мобильного приложения на Flashphoner и устанавливать аудио/видео звонок между Flash и софтфоном.
WCS3 поддерживает one-to-one SIP звонки. Поддержки many-to-many SIP конференций в самом WCS3 пока нет. Для таких конференций кроме WCS3 потребуется микширующий SIP сервер с поддержкой конференций.