Нет. Flash Player не поддерживает микширование входящих аудио потоков и не поддерживает изменение исходящего RTMFP потока на лету.
Потоки могут и будут смикшированы на вашей звуковой карте, для этого нужно всего-лишь проиграть их через динамик. Но такой способ не подходит для видеоконференций, т.к. если обратно пустить
смикшированный звук в микрофон, возникнет эхо-эффект, который невозможно устранить.

Оптимальный способ для конференции — это использование внешнего сервера конференций, например Confbridge или MeetMe Asterisk или другое ПО, которое микширует аудио и видео звонки в одну конференцию.
Такая конференция может быть управляться через внешнее API и вы сможете реализовать любую логику управления конференцией.
Кроме того, конференция микширует несколько потоков в один аудио/видео поток. Это значительно уменьшает битрейт.

Таким образом, предпочтительная схема конференции на базе WCS3 выглядит так: FlashphonerClient — WCS3 — Asterisk(Confbridge).